De kerk uit circa 1500, oorspronkelijk gewijd aan Maria, werd gebouwd ter vervanging van een middeleeuwse voorganger uit circa 1200. In 1865-1867 is de eenbeukige erk met vijfzijdig geslotenkoor naar plannen van J.I. Douma verhoogd, gepleisterd en van spitsboogvensters voorzien. In 1868 is de oude zadeldaktoren afgebroken en vervangen door een nieuwe toren van drie geledingen met ingesnoerde spits. Er hangt een door Geert van Wou gegoten klok (1499) en een klok (1896) van de firma Van Bergen.

Het interieur wordt gedekt door een tongewelf. Het gebrandschilderde glas (1939) met afbeeldingen van kerken en torens is afkomstig uit het voormalige gemeentehuis van Baarderadeel en werd vervaardigd door J.H. Wijkmans. Het eikenhouten meubilair (1779-1781) is vervaardigd door Hermannus Berkebijl. Het snijwerk is in Lodewijk XVI-stijl. De ronde preekstoel in de dooptuin is uniek voor Friesland. Er liggen zerken van de bewoners van Hoxwier.

Het oudste bekende orgel van de Mariakerk was afkomstig uit 1710 en gemaakt door Jan Harmens van Berlikum. Dit orgel bestond deels uit materiaal van een ouder onbekend orgel. De plaatselijke timmerman, Tys Sybrens, maakte destijds de kassen en galerij van het orgel; Jan Freercks uit Leeuwarden deed het snijwerk aan de kas. In 1813 bouwde J. Radersma een nieuw orgel. Dit instrument moest echter al snel onder handen genomen worden door firma L. van Dam in 1845. De gemeente besloot uiteindelijk in 1878 het huidige orgel te laten bouwen door diezelfde firma, voor een totaalbedrag van f 5440,-. Bij deze opdracht kreeg de firma de speciale instructie om de beelden (de personificaties van geloof, hoop en liefde) van het orgel te herplaatsen op het nieuwe orgel.

Het huidige orgel is qua uiterlijk een variant op het orgel uit Warga, dat ook is gemaakt door de firma L. van Dam in 1871. Eén van de verschillen van het orgel van de Mariakerk ten opzichte van het orgel van Warga is de scheiding van het boven-en onderfront door vlakke panelen. Daarnaast hebben de ondervelden van de zijtoren een boogvormige afsluiting en de kleur van het instrument is zwart met gouden afwerkingen. Hoewel de kleur van het orgel meer in de stijl van de negentiende eeuw is, is de stijl van het orgelfront voornamelijk klassiek achtiende-eeuws. Dit is te zien aan de traditionele hoofdvormen en het gebruik van ornamentiek in de vorm van bladeren en guirlandes.